Les rejets urbains des agglomérations littorales de plus de 10 000 eq.hab totalisent 10 M eq.hab (exprimée par rapport à la matière organique), soit 17 % de la pollution émise par l'ensemble de la population urbaine nationale. Le taux de dépollution moyen sur le littoral est de 47 %, combinant un taux de collecte des rejets de 71 % et un taux d'épuration par les stations de traitement de 65 %. L'objectif visé du traitement global de la pollution urbaine est de 65 %.

Les apports diffus d'origine agricole sont difficiles à quantifier. Environ 130.000 t/an d'azote sont émis par l'ensemble des communes littorales, 38% provenant des effluents d'élevage et 62% des engrais azotés, mais la diversité des pratiques rend les chiffres bruts peu significatifs, de même que pour les pesticides dont l'usage régional varie fortement.

Les apports d'eaux douces à la mer (160 à 170 km3/an) proviennent de 80 fleuves et cours d'eau, mais la Seine, la Loire, la Gironde et le Rhône en représentent 80%. Les apports contaminants les plus importants sont le fait de la Seine et du Rhône, conséquence de l'urbanisation et des activités industrielles sur les bassins versants de ces deux fleuves. Le Rhône déverse ainsi 4 à 6 t/an de mercure et de cadmium, 200 à 600 t/an de cuivre, nickel et plomb, environ 1 t/an de PCB et 16 t/an d'HAP. Un cas particulier doit être mentionné pour l'estuaire de la Gironde qui reçoit 20 à 25 t/an de cadmium, le lit du Lot ayant longtemps servi de décharge pour des déblais miniers (le cadmium est un sous produit de l'extraction du zinc) près de Decazeville. Cette charge polluante représente 4 à 5 fois les apports en cadmium des autres grands fleuves et 50 fois l'ensemble des principaux rejets industriels dans l'eau.